Высокотехнологичное секвенирование и биоинформатический анализ данных

Подать заявку на исследование

Объекты исследования: клетки человека, мыши, крысы, клеточные линии, ксенографты.

Количество образцов: не менее двух биологических репликатов на каждую группу сравнения

Решаемые задачи:

  • Секвенирование геномов de novo и ресеквенирование (1 геном человека в 30-кратном покрытии за запуск)

  • Секвенирование экзома (до 16 экзомов человека/запуск)

  • Секвенирование транскриптома (до 20 транскриптомов/запуск)

  • Секвенирование мРНК (до 40 образцов/запуск)

  • Целевое секвенирование участков генома (до 96 образцов/запуск)


Принцип работы секвенатора основан на массовом параллельном секвенировании миллионов фрагментов ДНК по технологии секвенирования методом синтеза (sequencing by synthesis, SBS) с использованием флуоресцентно-меченных нуклеотидных зондов. Все процессы секвенирования (клональная амплификация, секвенирование, биоинформатический анализ) полностью автоматизированы и реализованы внутри одного прибора. Программное обеспечение BaseSpace OnSite в автоматическом режиме обрабатывает данные, а также позволяет хранить и обмениваться результатами исследования. За один запуск NextSeq 500 способен секвенировать 120 млрд. п.о. ДНК с количеством чтений свыше 800 млн., что обеспечит секвенирование одного полного генома человека в 30-кратном покрытии.

Биоинформатический анализ данных:
  • Анализ данных тотального РНК-секвенирования (bulk RNA-seq): контроль качества, картирование, подсчет экспрессии, анализ дифференциальной экспрессии, анализ генных регуляторных сетей.

  • Анализ данных РНК-секвенирования единичных клеток (single-cell RNA-seq): контроль качества, картирование, подсчет экспрессии, tSNE, UMAP, кластеризация, поиск маркеров кластеров, аннотация клеточных типов, интеграция, устранение batch-эффекта, анализ траекторий развития, RNA-velocity, анализ дифференциальной экспрессии, генные регуляторные сети.

  • Анализ данных пространственной транскриптомики (10x Genomics Visium, Nanostring GeoMx): контроль качества, картирование, подсчет экспрессии, tSNE, UMAP, кластеризация, поиск маркеров кластеров, интеграция, устранение batch-эффекта, деконволюция клеточных типов, анализ дифференциальной экспрессии.

  • Анализ данных 16S rRNA секвенирования: контроль качества, деноизинг, таксономическая аннотация, анализ разнообразия, композиционный анализ, оценка функционального потенциала.

  • Анализ метилирования по данным WGBS/RRBS секвенирования: контроль качества, картирование, подсчет метилирования, анализ дифференциального метилирования.

Требования к входным данным: Сырые прочтения в формате .fastq.gz, .fq.gz, выровненные прочтения в формате .bam, необработанные матрицы экспрессии в текстовом формате, .h5, .mtx

Оборудование

Высокопроизводительный секвенатор NexSeq 500 Sequencing System

Высокопроизводительный секвенатор NexSeq 500 Sequencing System